Les milieux humides, tels que les tourbières, marais et marécages, ont longtemps été considérés comme des sites improductifs au niveau forestier. Aujourd’hui, l’importance de protéger ces sites à haute valeur écologique fait maintenant consensus. Dans ces milieux, aucune aide financière n’est octroyée dans le cadre du programme de mise en valeur de l’Agence. Ainsi, le drainage et la conversion de milieux humides ne sont plus financés. Cependant, il est possible d’effectuer certains travaux dans les tourbières boisées (ex. cédrière ou pessière sur sol organique) particulièrement lorsque des mesures d’intervention spécifiques et appropriées sont appliquées.
HERBIERS AQUATIQUES
Les herbiers aquatiques sont dominés par une végétation à feuillage flottant ou submergé. En général, les herbiers aquatiques sont recouverts d’eau pendant toute l’année. Le feuillage submergé des plantes aquatiques est une source d’alimentation importante pour plusieurs espèces de canards et il fournit aussi un couvert de protection aux invertébrés et aux poissons contre leurs nombreux prédateurs. Les herbiers aquatiques sont également utilisés par divers cyprins (ménés), insectes et amphibiens pour y pondre leurs oeufs.
MARAIS
En eau douce, un marais se situe généralement dans une zone comprise entre l’eau peu profonde et le marécage riverain. Il est souvent dominé par une végétation émergente (scirpe, quenouille, sagittaire).
En eau salée, le marais se situe généralement dans la zone de végétation qui subit l’influence de la marée entre son niveau le plus haut et son niveau le plus bas.
Les espèces végétales du marais jouent un rôle important dans l’épuration des eaux où certaines espèces ont la capacité d’emmagasiner, dans leurs tissus, des éléments nutritifs, et même des métaux lourds ou autres contaminants dissous dans l’eau. D’un autre côté, l’eau transporte aussi des particules fines en suspension. Lorsque l’eau circule dans un marais de quenouilles, la vitesse du courant y est considérablement réduite au travers des tiges, ce qui favorise la sédimentation des particules. Ainsi, à l’image d’un filtre, le marais à végétation émergente est d'une grande importance dans l’épuration de l’eau.
La végétation dense des marais fournit également un épais couvert de protection à plusieurs espèces fauniques qui les utilisent pour nicher, s’alimenter, se reposer, mais aussi pour se réfugier contre les prédateurs. La végétation des marais attire le grand héron, le butor, le carouge à épaulette, et bien d’autres.
MARÉCAGES
Les marécages sont des sites, en général, sur sol minéral qui font l’objet d’une inondation périodique, en particulier lors de la crue printanière. Le site peut être colonisé par un peuplement arbustif (aulnaie et saulaie) ou encore arborescent.
Au Bas-Saint-Laurent, les peuplements dominés par le frêne noir, l’orme d’Amérique, l’érable argenté ou un mélange de ces espèces peuvent se qualifier comme étant un écosystème forestier exceptionnel à titre de forêt rare.
En période d’inondation, la glace et les débris qui flottent à la surface de l’eau laissent des marques bien visibles sur les troncs. Ces marques sur les arbres sont utilisées pour déterminer la hauteur du niveau de l’eau. Les espèces d’arbres des sols marécageux sont en général capables de supporter une inondation prolongée, notamment en période de crue. En été, il est possible de circuler à pied dans la plupart des marécages où la végétation s’est installée à la suite du retrait de l’eau.
Selon la politique de protection des rives, du littoral et des plaines inondables, on considère comme le littoral (lit du cours d’eau) la zone comprise du centre de la rivière jusqu’à la ligne des hautes eaux (LHE). La bande riveraine se mesure à partir de la LHE sur une distance de 10 ou 15 m selon la pente du talus. La largeur de la bande riveraine peut différer s’il s’agit d’un milieu riverain agricole, forestier ou s’il borde une rivière à saumons. D’autre part, la largeur de la bande riveraine peut varier d’une municipalité à l’autre selon la réglementation en vigueur.
AULNAIES HUMIDES
Sur la rive d’un cours d’eau, l’aulnaie humide, dépendamment qu’elle se trouve sur un sol tourbeux ou minéral, se qualifie de tourbière arbustive ou encore de marécage. Avec le débordement des cours d’eau au printemps et en période de pointe à la suite de précipitations importantes, une végétation adaptée et typique des milieux humides colonise ces sites particuliers.
 En plein été, au moment où les lacs et les cours d’eau sont à leur niveau le plus bas, il est souvent possible d’y circuler à pied au travers de la végétation luxuriante.
L’aulnaie est un habitat recherché par la bécasse d’Amérique dans laquelle elle y retrouve une abondance de vers de terre qui compose presque exclusivement son régime alimentaire. Cet oiseau connaît un déclin de sa population au Québec depuis plusieurs années, qui serait attribuable à une perte d’habitat par le drainage des aulnaies et par leur conversion en plantation résineuse. Au Bas-Saint-Laurent, le drainage forestier et la conversion des aulnaies humides ne sont plus des activités financées dans le cadre du programme de mise en valeur forestier de l’Agence. Toutefois, les aulnaies sèches sur des terres agricoles en friche subissent encore de fortes pressions pour leur remise en production. Les aulnaies sèches sont également très recherchées pour la reproduction, la nidification et l’élevage de la bécasse d’Amérique.
TOURBIÈRES
Une tourbière est le résultat de l’accumulation de matière organique où le rythme d’accumulation, sous forme d’humus, dépasse la vitesse à laquelle la matière se décompose. Les tourbières se divisent en deux grandes catégories selon l’origine de leur apport en eau : le bog et le fen.
Bog
Tout d’abord, les tourbières alimentées exclusivement par l’eau de pluie ou de la fonte des neiges se définissent comme étant un bog ou tourbière ombrotrophe. Un bog est une tourbière généralement composée d’un tapis de sphaigne sur lequel on y retrouve des arbustes bas de la famille du bleuet et il peut même y avoir des arbres, généralement de l’épinette noire.
Fen
Le second type de tourbière, le fen ou tourbière minérotrophe, est alimenté par de l’eau ayant été en contact avec le sol minéral (alimenté par des sources souterraines, des cours d’eau et la bordure de certains lacs). Ce type de tourbière peut prendre différentes formes, dépendamment du type de végétation dominante. Les fens peuvent être dominés par des espèces herbacées, arbustives et même arborescentes, telles que le cèdre et le mélèze. La plupart des cédrières sur sol organique sont en fait des tourbières boisées toutefois beaucoup plus riches que les bogs boisés.
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